Cuando ya el siglo XlX ya terminaba, la incorporación de territorios ocupados por el pueblo mapuche constituía un asunto pendiente para el estado chileno. Pese a los intentos efectuados por este desde la década de 1860, distintas razones postergaron la incorporación infinitiva de estos territorios a la soberanía nacional. Sin embargo al concluir la guerra del pacifico, el interés económico en esas fértiles tierras y la conciencia de la capacidad militar del ejército, lo trasformo en una tarea prioritaria.
Los distintos grupos mapuche; costinos, pehuenches, abajinos y arribanos, se vieron forzados a tomar posición frente a estos cambios para mantener sus intereses, tal como lo hicieron durante la Colonia. Por ello, no es de extrañar que apoyaran las revoluciones de 1851 y 1859 en beneficio propio. Otro fenómeno presente fue la colonización de tierras agrícolas en la Araucanía, debido al auge cerealero iniciado por la fiebre de oro en California en 1848. Este proceso se caracterizó por el gran número de estafas a tribus mapuche y por diversos conflictos de convivencia entre éstos y los colonos.
El Gobierno central consideró como prioridad la ocupación y asentamiento de la zona de la Araucanía, pasando a ser un tema de debate en el país. En 1861, Cornelio Saavedra propuso un plan de “pacificación” que consistió en construir una línea de fortificación por el río Malleco modificando la frontera que tradicionalmente llegaba hasta el Bio-Bio. Dicho proyecto no estuvo exento de conflictos, incluso al interior de las mismas autoridades chilenas; sin embargo, para la mayoría, el progreso del país entendido como colonización y desarrollo industrial, necesariamente pasaba por el sometimiento de las distintas tribus mapuche.
Cornelio Saavedra inició la campaña de 1862 fortificando Mulchén, Negrete, Angol y Lebu. Los grupos indígenas rápidamente se dieron cuenta de las consecuencias de la penetración chilena. Mientras las tribus arribanas y abajinas se decidieron por la resistencia, los pehuenches y costinos formaron alianzas con las autoridades chilenas.
Se inició entonces, entre 1867 y 1869, la segunda campaña de Saavedra donde las tropas chilenas se enfrentaron en una violenta guerra con las tribus arribanas bajo el mando del cacique Quilapán. Las prácticas de destrucción de siembras y de aldeas fueron una política declarada del comandante José Manuel Pinto. Tras los primeros acuerdos de paz, en 1870, Saavedra quiso continuar con la siguiente etapa de expansión buscando unir Toltén con Villarrica y así rodear los territorios mapuches. El fracaso en esta etapa del plan, obligó a las autoridades a reconsiderar la estrategia, por lo tanto se optó por consolidar la ocupación de los territorios hasta el río Malleco.
Más de 190 mil indígenas habitaban la zona del Bío-Bío al sur, compuestos por los pueblos araucanos de tribus pehuenches y mapuches, territorio que se había mantenido rebelde a partir de la denominada Guerra de Arauco ante el dominio español durante la Conquista de Chile y luego durante todo el período colonial de Chile, sin que ningún bando se declarara vencedor.
El gobierno de Chile tomó la decisión de ocupar la Araucanía en el año 1861, el mismo año en que el francés Orélie Antoine de Tounens, intentó crear el Reino de la Araucanía y la Patagonia y se autoproclamó Rey de la Araucanía.
Las autoridades de gobierno deciden entonces aplicar el plan propuesto por el General de Ejército Cornelio Saavedra Rodríguez, donde no sólo se incluirían acciones militares, sino además consideraba la penetración pacífica de los territorios, mediante el traspaso de la cultura chilena al otro lado de La Frontera, abiertamente consideraba desculturizar a los mapuches.
El general Saavedra ocupó toda la zona que va hasta el río Malleco, lugar donde refundó la ciudad de Angol, y los fuertes de Mulchén y Lebu, en 1862, encontrándose con las primeras resistencias rebeldes de los mapuches que habitaban las cercanías del río Malleco, bajo el mando del lonco Quilapán.
La Guerra del Pacífico hizo desconcentrar al Ejército de Chile, situación que fue aprovechada por los mapuches para lanzar nuevos ataques a los puestos ubicados en las zonas fronterizas. Esta nueva sublevación ocurrida en 1880 se materializó con pérdidas para ambos bandos.
Una vez ya finalizada la guerra contra Bolivia y Perú, el ejército instruido por el gobierno de Domingo Santa María retomó en forma violenta la campaña de incorporación de la Araucanía al territorio nacional.
En su campaña de exterminio, se estima que al menos 10.000 a 30.000 indígenas fueron muertos en las escaramuzas lanzadas por el ejército chileno. Todo esto obligó a los sobrevivientes a escapar a la zona precordillerana habitada por los pehuenches, pueblo que ya compartía sus costumbres y con el que se fusionaron. Se puede decir que en esta etapa concluye realmente la Guerra de Arauco como tal, después de más de 300 años de conflictos.
